流式细胞术是现代生物学研究中的一项重要技术。它zui初主要用于细胞的荧光分析以及标有荧光抗体的细胞分选，当然，这仍是现阶段的主要应用。但zui近，流式细胞仪的应用范围正在迅速扩大。在介绍性的评论中，讨论了流式细胞仪在单细胞分析中的作用，并谈及了它在基因组测序和基因表达中的新兴作用。其中一篇文章介绍了从细胞中分离单个流式分选的核，接着进行全基因组扩增和单细胞基因组的测序，以研究发展。描述了另一种流式细胞学方法，它通过FISH对重复基因组DNA进行分析。
在甲基化分析中，流式细胞仪已应用在癌症生物标志物的寻找上。通过定量临床血浆和粪便样品中的DNA甲基化来寻找生物标志物，如Li等的文章。尽管流式细胞仪在临床和预临床研究中的流行，但这项技术的复杂度也限制了它在监控临床试验中的应用。让使用流式细胞仪监控的多中心临床试验的实验可变性降至程度。流式细胞仪目前不仅仅用于哺乳动物细胞的研究。它还用于精确分期的线虫胚胎的筛选，以分析RNA表达。而Suzuki等则通过反复交配和单缺失株的富集创建出带有多个精确缺失的酿酒酵母。另外，采用荧光激活细胞分选来富集细胞特异的适体！